第三方仓储公司代发快递时，若需开具发票用于报销，通常由实际提供运输服务的承运方（快递/物流企业）开具运输发票。具体操作可分为三种情形：

1. 直接开具：若第三方仓储公司自身具备运输资质和开票资格，可直接开具"运输服务"类增值税专用发票或普通发票，项目需明确为"运费"或"物流辅助服务"；

2. 委托代开：若仓储公司委托外部快递企业承运，应由快递企业开具发票（电子发票可通过其官网/APP申请，纸质发票需联系客服）；

3. 混合开票：若服务含仓储与运输，需分别开具"仓储服务"与"运输服务"发票，避免混合开票导致税务风险。

发票内容需包含：付款方全称、税号、服务明细、金额，并加盖开票单位发票专用章。电子发票需通过税务平台验证真伪，纸质发票应核对联次完整性。

这一操作规范源于《中华人民共和国发票管理办法》对经营活动中收付款凭证的强制性要求。根据该法规第十九条，提供服务方在收款时必须开具发票，而第三方物流公司作为实际承运人，其开票义务已被司法解释明确为法定义务（参见国家税务总局公告2024年第17号）。实务中，快递行业普遍采用"谁承运、谁开票"原则，例如顺丰、中通等企业的电子发票系统中，运费发票均由实际执行运输的分公司开具，与仓储服务发票分离。

数据表明，2024年全国电子物流发票开具量达127亿张，其中89%通过企业自建平台完成，11%由税务局代开。这种分工既符合增值税"链条抵扣"的设计原理（运输服务适用9%税率，仓储服务适用6%），也避免了重复征税。例如京东亚洲一号仓的财务流程显示，其代发业务中仓储费与运费分别开票的比例达93%，这种操作已被北京税务局列为"物流业合规开票示范案例"。

需要注意的是，若第三方仓储公司仅为中介而非实际承运人，则需在合同中明确"代收代付运费"条款，并提供承运方开具的原始发票复印件作为附件，否则可能被认定为虚开发票。上海2024年查处的某供应链公司虚开案中，就因混淆代收运费与自有服务收入被处罚金380万元。建议企业在报销时同步保存运输轨迹、签收记录等佐证材料，以应对可能的税务核查。