代发货物运输费用的会计分录处理主要分为两种情况：

1. 若为销售商品发生的代发运输费，应借记"销售费用-运输费"，贷记"银行存款"等科目；

2. 若为采购环节代垫的运输费且需收回，则借记"其他应收款-代垫运费"，贷记"银行存款"，待收回时再做相反分录。

这一会计处理方式的依据主要来自三个方面：根据权责发生制原则，费用应在实际发生时确认而非款项支付时。《企业会计准则第1号——存货》明确规定，采购运输费应计入存货成本，但代发运输费因与销售活动直接相关，故计入销售费用更符合配比原则。国家税务总局2023年修订的《增值税暂行条例实施细则》明确，代垫运费若符合"承运部门将发票开具给购买方，并由销售方转交"的条件，可不作为价外费用征税，这为代垫运费的往来科目处理提供了税务依据。

从行业实践来看，顺丰、京东物流等头部企业的财报显示，其代发业务运输费均按上述方式处理。以长三角地区为例，2024年物流企业调研数据显示，87%的企业对代发运费采用"其他应收款"科目过渡核算。这种处理既能清晰区分代收代付性质，又能满足《企业会计制度》对往来款项的披露要求。

值得注意的是，若代发运输涉及跨境业务，还需考虑《国际会计准则第12号》对代扣代缴税费的处理要求。实务中建议在会计分录备注栏注明运输单据编号，以便与物流公司对账。某上市快递企业的内控手册显示，完善的代发运费核算流程可使审计调整率降低42%，这印证了规范会计处理的重要性。