智能电商仓库代发货款应计入"销售费用-物流费"科目。该科目专门用于核算企业为完成商品销售而产生的仓储、运输、配送等物流环节的费用支出。

从会计处理角度看，智能电商仓库代发货属于第三方物流服务，其费用本质是销售环节的延伸成本。根据企业会计准则第14号——收入的相关规定，这类费用应归类为销售费用。具体分析如下：智能仓储代发服务通过物联网技术实现货物全程监控，采用自动化分拣系统提升操作效率，这些技术投入产生的费用属于销售辅助成本。代发服务包含的订单处理、打包、快递等环节，都是直接服务于销售终端的配套支出。电商平台与仓储服务商签订的协议通常明确这类费用属于销售环节的运营成本范畴。从行业实践来看，领先的智能仓储企业如发网云仓、韬博供应链等，其服务协议均显示客户企业将代发费用计入销售费用科目。在税务处理方面，根据国家税务总局关于企业所得税收缴管理办法，此类费用取得正规发票后可在企业所得税前全额扣除。需要特别说明的是，若代发服务中包含商品加工等增值服务，则相应费用需根据业务实质判断是否计入生产成本。但就标准化的智能仓储代发服务而言，其费用性质明确属于销售费用范畴，这也是目前电商行业普遍采用的会计处理方式。