第三方代发货仓库收费是完全合法的商业行为。这种服务模式通过合同形式明确双方权责，收费标准受《价格法》《电子商务法》等法律法规约束，且行业内已形成公开透明的计价体系。

从法律层面看，第三方仓储服务属于典型的商事委托代理关系。《民法典》第九百一十九条明确规定"委托合同是委托人和受托人约定，由受托人处理委托人事务的合同"，仓储企业提供商品保管、订单处理、物流配送等系列服务，其收费本质是劳务对价。实际操作中，收费项目通常包含仓储费（0.5-5元/天/立方）、装卸费（0.3元/件）、配送费（2.5-5元/单）等基础服务费，以及包材费（0.2-1.5元）、订单打印费（0.01元/单）等衍生费用，这些明细均会在合同中进行逐项约定。例如上海保税仓对存放超过60天的货物增收20%仓储费，这种阶梯式定价既符合《价格法》第十一条"经营者有权依法自主制定属于市场调节的价格"的规定，也体现了仓储资源的时间价值。

从行业监管角度，正规第三方仓储企业需取得《仓储经营许可证》《增值电信业务经营许可证》等资质，其收费系统需接入税务监管平台。中国仓储与配送协会2024年行业报告显示，全国83%的电商企业采用第三方仓储服务，其中76%的企业认为收费合理度达优良水平。具体收费差异主要受三方面因素影响：一是地理位置，如城市中心仓日均管理费约200-300元，郊区仓仅50-150元；二是服务内容，使用WMS系统的智能化仓库费用比传统仓高15%-20%；三是商品特性，冷链仓储费可达普通仓的2-3倍。以深圳安迅通公司为例，其根据客户日发单量实行弹性报价，月订单超1万单可享受9折费率，这种市场化定价模式既保障企业利润空间，也符合《反垄断法》关于禁止不正当价格行为的规定。

从实践案例看，合规的收费体系往往具备三个特征：一是明码标价，如宝时云仓在官网公示"入库清点不收费，残次品协商处理"等条款；二是分类计价，泰嘉物流对跨境电商客户单独列出打托费（150元/托）、分唛费（50元/唛头）等特殊服务费；三是动态调整，中汇物流对"夜间20:00-6:00操作加收50%"等临时需求明确告知。这种精细化收费模式既避免了《消费者权益保护法》规定的价格欺诈风险，也符合商务部《第三方仓储服务规范》行业标准。值得注意的是，部分企业通过简道云等系统实现费用自动核算，每笔订单可追溯具体计费项，这种数字化透明管理已成为行业合规发展的新趋势。