网店代理代发货系统的费用计算主要包含仓储费、操作费、配送费和增值服务费四部分。仓储费按仓库类型和面积收取，常温仓约0.5-3元/平方米/天；操作费涵盖入库、分拣、打包等环节，单件成本约0.5-2元；配送费依据快递品牌和货量协商，通常三通一达首重3-5元；增值服务如贴标、退换货则按需计费。

完整的费用构成解析如下：

1. 仓储成本

仓库选址直接影响费用，例如上海外高桥保税仓因区位优势，日均仓储费比郑州贵30%。冷仓因设备投入高，收费是常温仓的2-3倍。部分云仓采用"阶梯式计费"，月发货量超1万单可享仓储费8折。

2. 操作环节明细

入库清点费约0.1元/件，异形商品分拣费上浮50%。打包耗材中，纸箱成本占比最高：3号箱约1.2元/个，而定制LOGO包装盒单价超3元。2024年行业报告显示，自动化分拣线可降低40%人工成本，但需满足日均3000单以上才具经济性。

3. 配送价格体系

与快递网点合作时，代理费通常按运费8-15%抽取。量价挂钩明显：日发500单可获首重3.2元优惠价，偏远地区加收2元/票。极兔速递在华东区域推出的"电商专线"，续重价格比标准件低0.8元/kg。

4. 隐性成本预警

退换货处理费常被忽视，二次质检收费0.3-0.8元/件。系统对接方面，API接口年费约2000-5000元，部分服务商要求缴纳3万元系统押金。2025年新实施的《电商仓储服务标准》规定，仓储损耗率超过0.5%需由服务方承担。

建议采用"3+2"比价法：比较3家云仓的基础报价，再筛选2家提供免费系统对接的服务商。实际操作中，服装类目适合选择按件计费的"轻仓模式"，而大家电则应优先考虑包含装卸服务的综合方案。最新行业数据显示，2024年采用代发货系统的商家平均物流成本下降18.7%，但需注意超过15%的报价差异往往意味着隐藏服务缺口。