一件代发佣金建议计入销售费用-佣金科目。这种处理方式符合企业会计准则对佣金支出的分类要求，能清晰反映物流代发业务中的成本结构，便于后续财务分析和税务处理。

从财务核算角度，一件代发佣金属于企业为促成交易发生的间接费用。根据现行会计准则，此类支出应归类为销售费用科目下的佣金明细科目。这种分类方式具有三方面优势：销售费用科目专门归集企业销售商品过程中发生的各项费用，佣金作为促成交易的直接成本，与其他营销费用并列更能体现业务实质。在税务处理上，佣金支出取得合规发票后可按实际发生额税前扣除，但需注意支付给个人代理的佣金不得超过服务金额的5%。第三，物流行业普遍采用这种记账方式，便于横向比对行业数据。实际操作中，企业需在收到物流服务商开具的佣金发票后，借记"销售费用-佣金"科目，贷记"银行存款"等科目。若涉及跨境业务，还需注意区分境内佣金和境外佣金在增值税处理上的差异，境外佣金通常适用免税政策。财务人员应定期核对佣金支付明细与物流服务商提供的对账单，确保账实相符。对于月佣金支出超过10万元的企业，建议单独设立佣金辅助账，详细记录每笔佣金的收款方、金额、结算周期等信息，既满足内控要求，也为后续商务谈判积累数据支持。值得注意的是，部分企业为简化核算将佣金计入物流费用科目，这种做法虽然不影响利润总额，但会扭曲成本构成，不利于管理层准确评估渠道投入产出比。