一件代发厂家结算货款主要有两种方式：预付款模式和月结模式。预付款模式下，分销商需在下单时即时支付货款，适合订单量小的初期合作；月结模式则按账期（如30天）统一结算，适合稳定合作且订单量大的情况。目前行业普遍采用数字化工具（如店管家、我打分销代发软件）实现自动对账，通过绑定支付宝或设置结算价，系统可自动生成账单并完成分账，显著提升效率并降低人工差错率。

预付款模式能有效规避厂家资金风险，尤其适合新合作或小额订单场景。其优势在于钱货两清，避免坏账问题。但可能增加分销商资金压力，影响采购灵活性。月结模式更符合商业信用体系，通过账期缓解分销商现金流压力，但需依赖双方信任基础。数字化工具的介入解决了传统对账痛点：以店管家为例，其多店铺对账功能可自动按厂家、商品维度生成账单，支持售后补发、快递费统计等复杂场景，准确率达99.6%。某电商产业带调研显示，采用自动化结算的厂商回款周期平均缩短7.2天，纠纷率下降68%。

运费结算方面，厂家通常通过商品重量模板和区域运费模板预先设定规则。例如华东地区首重5元/公斤，续重2元/公斤，系统会根据实际发货地自动计算并计入账单。权威物流数据显示，智能运费核算能使运输成本降低12%-15%，尤其对体积重量差异大的商品效果显著。值得注意的是，部分平台如淘宝采用"代销分账"机制，买家付款后系统自动扣除采购价分账给厂家，分销商赚取差价。这种模式依托平台信用背书，资金流转效率提升40%以上。

行业最佳实践表明，结算方式选择需综合考量三个维度：订单规模、合作周期和信息化水平。初创企业适合预付款+基础对账工具；中型分销商推荐月结+智能分账系统；大型供应链则可建立定制化结算中心，整合ERP与物流数据流。上海某云仓服务商案例显示，其客户采用自动化结算后，人力成本减少53%，日均处理订单量提升3倍。未来随着区块链技术的应用，分布式账本将进一步提升结算透明度，预计到2026年智能合约技术可覆盖38%的代发业务结算场景。