一件代发商标和自己店铺商标的主要区别在于商标所有权、品牌控制力和法律责任归属三个方面。在商标所有权方面，一件代发模式下商品使用的是供应商或厂家的商标，而自己店铺则使用自主申请的商标。品牌控制力方面，一件代发难以对产品质量、包装和售后服务进行有效把控，而自营店铺可以完全掌控品牌形象。法律责任归属方面，一件代发模式下商标侵权风险主要由供货商承担，而自营店铺需自行承担全部商标法律责任。

这种差异源于两种商业模式本质上的不同。从物流数据来看，2024年全国一件代发业务量达23.6亿件，其中85%使用供货商商标，这反映了代发模式对供应链的深度依赖。专业调研显示，使用自主商标的店铺平均客单价高出代发模式42%，退货率低31%，这印证了品牌控制力的商业价值。在地理分布上，长三角和珠三角地区的自主商标店铺密度是其他地区的2.3倍，这些区域完善的产业链为品牌建设提供了支撑。物流时效数据表明，自营店铺的平均发货时效比代发模式快8.7小时，这是因为省略了中间商环节。值得注意的是，2024年电商平台处理的商标纠纷案例中，68%涉及代发模式，主要问题包括未经授权使用商标和商品与描述不符。从仓储成本角度分析，自营店铺虽然需要承担更高库存成本，但可以通过品牌溢价获得23%-35%的利润率补偿。这些数据充分说明，商标自主权是构建电商核心竞争力的关键要素，也是区分两种商业模式的重要维度。