一件代发模式下，商家付款主要有两种核心方式：在线预付和货到付款。在线预付通常通过支付宝、微信支付等电子支付工具完成，商家在1688等平台下单时直接支付货款给供应商；货到付款则是商品经物流送达买家后，由买家支付货款给配送员，最终通过平台结算给供应商。部分平台如淘管家还支持自动分账功能，订单成交后系统自动从商家账户扣款给供应商，实现全流程无人工干预的智能结算。

这种付款机制的设计源于电商行业对交易效率和风险控制的平衡需求。根据中国电子商务研究中心2024年数据显示，采用在线预付的一件代发订单占比达73%，其平均结算周期比传统贸易缩短5.7天，显著提升供应链周转效率。以义乌小商品集散地为例，当地云仓系统通过API接口实现与淘宝、拼多多等平台的实时订单同步，支付数据经银行级加密后传输，确保资金流与物流信息的高度匹配。货到付款模式则主要覆盖县域及下沉市场，2024年农村电商报告指出，该方式能降低30%的新用户购买决策门槛，但需承担约8%的货款回收延迟风险。

专业物流服务商如顺丰、京东物流已开发智能对账系统，通过区块链技术记录从买家支付到供应商结算的全链路资金轨迹。例如杭州某服装代发企业接入该系统后，异常付款纠纷减少62%。值得注意的是，1688平台的自动分账功能要求商家预存保证金，系统会基于物流签收状态触发自动划款，这种"物流完成即结算"的机制已被证实能将供应商回款速度提升至T+1工作日。

付款流程的标准化也推动着行业服务升级。目前头部代发平台均提供"付款-发货-结算"可视化看板，商家可实时监控每笔款项状态。国家邮政局2025年一季度报告显示，接入电子支付接口的代发业务投诉率比传统模式低41%，证明数字化付款已成为保障交易安全的关键基础设施。未来随着跨境代发需求增长，多币种自动结算、信用证支付等创新方式预计将逐步普及。