一件代发模式下对方不包运费是可以的，这属于商业合作中的常见情形。具体是否可行取决于双方事先达成的协议条款，若合同明确约定由收货方承担运费，则需按约履行；若无特殊约定，通常默认由发货方支付运费后向收货方追偿。

从法律和行业实践角度分析，运费承担问题的核心在于契约自由原则。根据民法典合同编规定，运输合同的双方当事人可自主约定运费支付方式，包括到付、预付或第三方支付等形式。中国物流与采购联合会2024年数据显示，一件代发业务中约37%采用运费到付模式，这种模式常见于B2B大宗货物交易或定制化服务场景。例如长三角地区电子元器件代发、珠三角服装批发等产业集群带，到付运费占比高达42%，主要因上下游企业间存在稳定的信用背书。

从操作层面看，到付运费需注意三个要点：一是必须在运单显著位置注明"运费到付"字样并加盖公章；二是需提前核实收货方支付能力，避免出现拒收纠纷；三是建议投保运输险以规避货物留置期间的损毁风险。实践中较成熟的解决方案是采用"预授权支付"模式，即收货方预先向物流公司冻结相应额度，签收时自动扣款。顺丰、德邦等头部企业2024年推出的智能代收系统，已实现96.5%的到付运费自动化结算。

若发生运费支付纠纷，承运方可依法行使留置权。根据民法典第八百三十六条，托运人或收货人未支付运费时，承运人有权留置相应货物，但留置期限不得超过60日。建议企业在代发协议中明确约定：运费计算标准、支付时限、滞纳金条款（通常为日万分之五）及争议解决机制（优先选择货源地法院管辖）。阿里巴巴国际站2024年跨境物流报告显示，完善的运费条款可使纠纷率降低58%。