一件代发是一种商业模式，指的是供应商直接将货物发往代发商，代发商再根据客户的需求将货物发往最终消费者。一件代发在电商领域非常常见，可以帮助商家降低库存风险和运营成本。一件代发也存在一定的风险，其中之一就是可能涉及商标侵权问题。

对于一件代发被告法院商标侵权的情况，商家应该按照以下步骤进行处理：

1. 了解商标法规定。商标是企业的知识产权，具有一定的保护范围和权利。商家应该了解商标法的相关规定，明确自己的权益和责任。

2. 检查商标是否被侵权。商家需要查看被指控侵权的商标是否与自己的商标相似或相同，是否存在商标冲突的可能。可以通过商标注册查询系统或请专业律师进行商标侵权调查。

3. 寻求法律援助。如果商家确实涉嫌商标侵权，被告方应该尽快寻求法律援助。可以咨询专业知识产权律师，寻求专业的法律建议和支持。

4. 准备有利的证据。商家需要准备相关证据来证明自己没有侵权，例如购买货物的发票、采购合同、商品照片等。这些证据有助于证明商家的善意和合法性。

5. 参与法律程序。商家需要积极参与法律程序，回应法院的传票和要求。可以通过律师代理或自行回应，提供相关证据和辩护意见。

6. 接受判决并采取行动。一旦法院做出判决，商家需要遵守判决结果，采取相应的行动。如果商家被判定侵权，需要停止侵权行为，并承担相应的法律责任。

除了以上的处理步骤，商家还可以采取以下几点措施来避免商标侵权的发生：

1. 注册自己的商标。商家应该及时申请注册自己的商标，以增加自己的商标权益和保护范围。

2. 与供应商合作。在选择一件代发供应商时，商家应该选择有资质和信誉的供应商，签订合同并明确双方的权益和责任。

3. 保持监控。商家应该定期监控市场和竞争对手的商标动态，避免与其他商标发生冲突。

4. 建立良好的商标管理制度。商家应该建立完善的商标管理制度，规范内部商标的使用和保护，避免员工不当使用商标导致侵权行为。

一件代发被告法院商标侵权的问题需要商家积极应对并寻求合法援助。商家需要加强自身的商标保护意识，遵守商标法规定，以避免商标侵权的发生。通过合法合规的经营，商家可以保护自己的商标权益，提升自己在市场竞争中的地位。