阿里巴巴一件代发的运费计算主要取决于供应商设置的运费模板。具体操作步骤如下：首先登录卖家工作台，进入物流工具页面选择运费模板设置，点击新增模板后根据供应商标准填写计价方式、起始地、目的地和重量范围等信息，保存后即可应用于代发商品。若选择包邮模板，则运费成本由供应商承担；若选择买家承担运费，则按件数或重量阶梯计价，通常首重4.7元起，续重1元起，单量越大单价越低。

关于运费定价的合理性，可从三方面分析：物流成本结构显示，国内小件快递首重成本通常在3.5-5元区间，1688官方阶梯报价（10单以下4.7元/单，40单以上4元/单）符合行业标准，且比顺丰等溢价快递低30%以上。地理因素直接影响运费，例如从义乌到上海的500克包裹，中通官网报价5元与1688的阶梯价基本吻合。平台政策要求供应商必须使用标准化运费模板，这保障了价格透明度，避免乱收费现象。实际案例显示，月均20单的商家采用4.5元/单模板后，物流成本占比从8%降至5.2%，证明该模式具有成本优势。需要特别说明的是，3公斤以上大件建议选择"按重量计费"模板，续重费最低可至0.9元/公斤，比普通快递省40%费用。