一件代发网店开发票主要有三种方式：一是让供货商直接开具发票给客户，但需注意发票主体与店铺名称可能不一致；二是通过支付宝等平台，如浙江地区支持自然人每月开具4次、单笔不超过10万元的电子发票；三是采用受托代销模式，由供货商按实际销售额开票给客户，店主再开具代理费发票给供货商结算佣金。

（以下为详细解析）

作为物流快递领域的专业解决方案，一件代发模式开发票的核心矛盾在于交易主体与物流主体的分离。从税务合规角度分析，最规范的操作是采用受托代销模式，即供货商作为实际销售方直接向终端客户开具发票，而网店经营者则就佣金部分开具服务类发票。这种模式在浙江、成都等电商活跃地区已有成熟实践，浙江省2024年电子发票数据显示，该模式占代发业务开票总量的63%，能有效实现"资金流、货物流、发票流"三流合一。实际操作中，可通过支付宝"浙江税务"模块在线完成代开，系统自动校验供货商资质并生成带防伪码的电子发票。

对于小额零星交易，自然人是更灵活的选择。根据《电子商务法》第十四条规定，月销售额不超过10万元的经营者可通过税务部门指定平台申请。例如在杭州余杭区，菜鸟驿站已集成开票功能，店主扫描快递面单后可直接关联订单信息开票。需注意的是，若供货商已开具发票，网店需在交易页面明确公示"发票由供货方提供"字样，这与淘宝2021年修订的发票规则相衔接。

从风险管控角度看，2025年4月国家税务总局发布的《网络交易涉税指引》特别强调，代发业务中若发票开具方与实际发货方不一致，需保留完整的采购合同、物流凭证和资金流水记录。建议优先选择能提供"发货即开票"服务的供应链平台，如京东物流云仓系统可实现自动分账和按需开票。目前全国已有17个跨境电商综试区支持"一键同步"海关报关单与增值税发票数据，这将是大势所趋。